업계는 브렉시트 이후, 추가 서류 요구 등 EU 회원국 세관의 통관 규정 적용이 일관적이지 못하다고 지적, 특히, 스페인, 포르투갈, 이탈리아, 그리스에서 흔히 발생한다고 주장했다.

통관 서류 등 준비 수준 여부와 관계없이 통관 담당자의 판단에 좌우되는 경우가 많고, 불확실한 통관 업무 대행을 위한 비용도 발생하고 있다고 지적했다.

이와 관련, 영국 상공회의소는 EU 회원국 세관의 불규칙적인 통관 규정 해석과 관련한 기업의 민원이 늘고 있다며 EU가 통관 업무 조율을 위한 통일 기구를 설립하여 전체 회원국에서 통관 규정이 동일하게 적용되어야 한다고 촉구했다.

또한, EU 단일 통관 당국 설립 추진과 동시에 단기적으로 영국 상품에 대한 EU의 구체적인 수입 통관 지침을 제시해, 회원국 간 동일한 적용에 주력해야 한다고 강조했다.